El espacio que ocupa la Capilla, se trata de una planta ligeramente rectangular rematado con un cúpula con linterna y ventanas circulares. Consta de tres puertas, dos situadas a los pies, de las cuales una sirve de comunicación al templo mientras que la otra comunica directamente con el claustro principal del convento, la tercera puerta tiene acceso a la sacristía. El retablo que preside la Capilla se considera una interesante obra de «retablística» quiteña del siglo XVII. Junto al altar, situada en el lado de la epístola, se halla una hornacina cuyo interior se encuentra una escultura en tamaño natural de madera policromada que representa el retrato del fundador de esta capilla, el Comisario Francisco Villacís, en postura orante y de rodillas, mirando hacia el altar. Constituye esta imagen, una de las escasas muestras de retratística escultórica quiteña. El hecho de querer perpetuar su nombre y el de su familia fue el motivo fundamental del encargo de este retrato. Destaca también sobre dicha hornacina, en bajo relieve el escudo de la familia Villacís. 

Adornan la Capilla algunos lienzos de distintos tamaños, con temas de la vida de Jesucristo, cuadros que debieron haber sido colocados posteriormente, ya que están datados del siglo XVIII.

Finalmente, otro de los detalles a destacarse, es la puerta de piedra que lleva a la cripta. Talla de bajo relieve presenta símbolos franciscanos, la cruz sobre una calavera, y cordón franciscano. Tiene una inscripción en latín que dice: «Beati mortui qui in un morintu»